Mnohí tvrdili, že dôvodom bolo aj manželstvo s hercom Tomom Cruisom. Ten manželku na jednej strane neustále zatieňoval a podľa klebiet z okolia páru vraj tiež často kontroloval. Dodnes je známa kauza o tom, že Cruise požiadal o vystrihnutie nahej scény z filmu Ďakujeme, že fajčíte.
Hoci pár už spolu niekoľko rokov nie je, Holmesovej herecké príležitosti sú stále na akomsi bode priemeru. Ona sama si to možno nemyslí, no uvedomuje si, že prežila aj poriadne prázdne obdobie. V rozhovore pre magazín DuJour však vyhlásila, že rozhodne z neho neviní exmanžela.
„Taký je život herca. V podstate nemáme veľmi na výber. Sú obdobia, keď nemáte do čoho pichnúť a potom prídu také, keď je príležitostí veľa,“ vysvetlila 35-ročná herečka, ktorá momentálne účinkuje v novinke The Giver. Zdá sa však, že ani tá nebude pre ňu zásahom do čierneho. Prvé kritiky na film, v ktorom účinkuje aj Meryl Streep, sú totiž pomerne negatívne. A návštevnosť v kinách tiež neohúrila.