S Markom Bradshawom sa pritom už v auguste 2012 zosobášili. „Ben svoju homosexualitu nikdy neskrýval. Podobne ako mnoho hercov však uprednostňoval nehovoriť verejne o svojom súkromí. Môžem potvrdiť, že Ben a Mark vstúpili to civilného partnerstva v auguste 2012. Urobili to s hrdosťou a sú veľmi šťastní,“ vysvetlila.
Dvojica sa zoznámila počas nakrúcania filmu Jasná hviezda (2009), pre ktorý Bradshaw skladal hudbu, zatiaľ čo Whishaw v ňom účinkoval. „Všetci z nich majú radosť. Mark je milý chlapík, veľmi talentovaný. Pre Benov harmonogram nebola príležitosť na veľkú oslavu, ale som si istý, že raz nejaká bude,“ povedal pre Daily Mail zdroj blízky páru.
Tridsaťdvaročný Whishaw sa domnieva, že hercom škodí, keď sa príliš otvárajú verejnosti. „Pre mňa je dôležité udržať si určitú anonymitu. Ako herec musíte ľudí presvedčiť, že ste niekto iný. Takže, keď o sebe neustále rozprávate, je to akoby ste sa postrelili do nohy,“ povedal.
O jeho sexuálnej orientácii sa špekulovalo už dlhšie, no debatu rozprúdil najmä rozhovorom, ktorý v marci 2011 poskytol magazínu Out. Keď sa ho spýtali, či sú pre mladých homosexuálov dôležité pozitívne vzory, odpovedal: „V srdci cítim, že to je dôležité, ale zatiaľ nepoznám tú správnu cestu.“