Dvojica mala spolu tri deti – syna Coopera Alexandra (nar. 2003) a dcéry Tallulah (nar. 2006) a Willu (nar. 2008). Štyridsaťšesťročný herec spísal poslednú vôľu ešte v roku 2004, pričom v nej spomenul aj inštrukcie ohľadom výchovy svojho jediného syna.
Hoffman si želal, aby Cooper vyrastal na newyorskom Manhattane, aby tak mal prístup ku kultúre, umeniu a architektúre, ktoré táto časť mesta ponúka. V prípade, že by to nebolo možné, herec chcel, aby jeho syn žil buď v Chicagu alebo San Franciscu. Ak by nežil ani tam, Hoffman dúfal, že obe z týchto miest bude navštevovať aspoň dvakrát ročne.
Hoffmanovo telo našiel 2. februára v jeho byte na Manhattane scenárista David Katz. Herec ležal na dlážke v kúpeľni, pričom v ruke mal zapichnutú ihlu. Predbežné výsledky pitvy zatiaľ neodhalili príčinu úmrtia, hoci sa predpokladá, že šlo o predávkovanie heroínom. Polícia totiž našla v byte 65 malých balení tejto drogy a ďalších päť prázdnych obálok.
Hoffman pritom vlani v máji absolvoval liečenie, na ktoré sa rozhodol nastúpiť po tom, ako jeho závislosť od liekov na predpis prerástla až k užívaniu heroínu. S drogami mal problémy aj v minulosti, no závislosti sa dokázal zbaviť. Neverejná rozlúčka s hercom sa konala 6. februára v New Yorku, pričom okrem rodiny a priateľov sa na nej zúčastnili aj Cate Blanchett, Joaquin Phoenix, Amy Adams, Michelle Williams alebo Diane Sawyer. Pohreb sa uskutočnil o deň neskôr.