Informoval o tom americký portál TMZ. Hoci pár požiadal o rozvod tento rok, oddelene žili už od roku 2011. Žiadosť o rozvod podal Duchovny v júni, pričom ako dôvod uviedol nenávratné zlyhanie vzťahu.
Predstaviteľ agenta Foxa Muldera zo seriálu Akty X a rodáčka z New Yorku budú mať spoločnú starostlivosť o svoje dve deti. Okrem toho bude Duchovny platiť exmanželke 48 333 amerických dolárov (v prepočte 36-tisíc eur) mesačne.
Duchovny a Leoni sa stretli pri nakrúcaní spotu pre Tonight Show. Zosobášili sa v roku 1997. O dva roky neskôr Leoni porodila ich prvého potomka – dcéru Madelaine West. V júni 2002 sa im narodil syn Kyd. Po prvý raz sa rozišli na pár mesiacov v roku 2008. V tom istom roku herec nastúpil na liečenie zo závislosti od sexu. Ich druhý rozchod nasledoval v júni 2011.