Herečka bola vydatá za Brada Pitta od roku 2000 do 2005 a za Justina Therouxa od roku 2015 do 2018. V roku 1998 sa Aniston začala stretávať s Bradom Pittom a už o rok neskôr ohlásili zásnuby s prsteňom od vychyteného talianskeho klenotníka Silvia Damianiho.
Mike Fried, z klenotníckej firmy „The Diamond Pro“, opísal pre magazín Hello! prsteň ako „výnimočne unikátny“ a odhadol, že jeho hodnota sa časom zvýšila. „Prsteň stál v roku 1999 údajne 500 000 dolárov, čo znamená, že dnes by mal hodnotu približne 1 milión dolárov. Jeho stredný diamant má najmenej 7 karátov, ale diamanty okolo neho pridávajú na hodnote, veľkosti aj kráse prsteňa.“
Hollywoodsky pár sa zosobášil v roku 2000 na útese v Malibu. Po piatich rokoch sa však rozišli kvôli Pittovej aféru s kolegyňou Angelinou Jolie.
Svojho druhého manžela, herca Justina Therouxa, stretla Aniston v roku 2007, ale ich vzťah sa začal rozbiehať až po tom, ako spolupracovali na filme Wanderlust v roku 2011.

Theroux požiadal Aniston o ruku v auguste 2012 s veľkým osemkarátovým diamantovým prsteňom, ktorý Mike Fried opísal ako „jednoduchší v dizajne, so solitérnym osadením a jedným kameňom.“ Prsteň stál údajne 500 000 dolárov v roku 2012, čo znamená, že dnes by mal hodnotu približne 700 000 dolárov."
Pár sa zosobášil v auguste 2015 v dome Anistonovej v Bel-Air. Rozchod prišiel v roku 2018.