V roku 2004 sa stala vo veku 40 rokov matkou a svoju kariéru odsunula na vedľajšiu koľaj. Nasledujúce roky jej priniesli radostné chvíle materstva, ale aj ťažké obdobia. Jej manželstvo s hercom Hankom Azariom sa v roku 2000 rozpadlo už po jednom roku. Neskôr tvorila pár s producentom Matthewom Carnahanom, s ktorým má dcéru Makenu. Po 16 rokoch však ich vzťah skončil búrlivým rozchodom.
Podľa zdrojov blízkych herečke bola Hunt presvedčená, že ju manžel podvádzal, hoci on to vždy popieral. Strata dôvery a zlomené srdce však boli príliš bolestivé a tak sa rozhodla vzťah ukončiť. O tejto kapitole svojho života nikdy verejne nehovorila.
Len dva roky po bolestivom rozchode zasiahla Helen Huntovú ďalšia rana. V roku 2019 zažila vážnu autonehodu v Los Angeles, keď sa jej SUV po náraze prevrátilo na bok. Bola hospitalizovaná, ale prepustili ju bez vážnych zranení. Napriek tomu ju nehoda hlboko zasiahla.
V roku 2022 herečka opäť otvorila srdce láske. Po jej boku sa objavil herec Jeffrey Nordling, s ktorým sa v roku 2023 prvýkrát ukázala na verejnosti. Dnes si pár užíva spoločné chvíle v Los Angeles, často ich vídať na zápasoch Dodgers.
Hunt má výnimočný vzťah so svojou dcérou Makenou, ktorá študuje na Northwestern University v Illinois a zároveň sa venuje hudbe so svojou kapelou „Widemouth“. Herečka dcéru vždy podporovala – či už pri herectve, keď si spolu zahrali v seriáli „Mad About You“, alebo teraz, keď s hrdosťou promuje jej hudobnú tvorbu na sociálnych sieťach.