V poslednej dobe sa objavil napríklad v akčnom filme Deň patriotov (2016), ktorý bol inšpirovaný bombovým útokom na bostonskom maratóne v roku 2013.
Bacon vo filme debutoval v roku 1978 menšou rolou v kultovej študentskej snímke Zverinec časopisu National Lampoon. Úspech snímky ho postupne priviedol k ďalším filmom pre mladých, akými bolo Bistro Barryho Levinsona či film Bez dozoru. Neskôr sa preslávil rolami aj v ďalších slávnych filmoch, akými sú napríklad Hráči so smrťou, JFK, Spáči alebo Tajomná rieka. Objavil sa tiež v úlohe zloducha v pokračovaní filmovej ságy X-Men: Prvá trieda (2011). O rok skôr dostal cenu amerických filmových kritikov, nie však za herecké umenie, ale za charitatívnu prácu.
V roku 1996 Bacon debutoval ako režisér. Pôvodne televíznu snímku Stratená Chase, v ktorej si okrem iného zahrala aj jeho manželka, Kyra Sedgwick, sa nakoniec premietal aj v kinách. Bol uvedený na festivaloch v Sundance a Toronte a získal tri nominácie na Zlatý glóbus.
Ďalším jeho režijným počinom bola snímka Miláčik z roku 2005, v ktorom si aj zahral. Bacon, ktorý pôsobí tiež v divadle a televízii, navyše so svojím starším bratom Michaelom tvoria úspešnú country folkovú skupinu The Bacon Brothers. V roku 2003 získal svoju hviezdu na hollywoodskom chodníku slávy.