Jeho životná partnerka, herečka Rooney Mara priviedla na svet chlapčeka. Presný dátum pôrodu síce nie je známy, ale médiá o príchode synčeka na svet informovali práve v poslednú septembrovú nedeľu.
Postaral sa o to režisér Victor Kossakovsky, keď na filmovom festivale v Zürichu propagoval film Gunda. Phoenix je jeho producentom a keďže sa na premietaní a stretnutí s médiami nezúčastnil, jeho režisérsky kolega aj vysvetlil prečo. „Je čerstvým otcom, takže momentálne nemôže promovať film,“ uviedol pred novinármi.
Kossakovsky tiež prezradil, že dvojnásobný držiteľ Oscara pomenoval svojho syna River. Je to vraj pocta a spomienka na jeho predčasne zosnulého staršieho brata, kedysi tiež populárneho herca Rivera Phoenixa, ktorý zomrel v roku 1993 na predávkovanie drogami. Herecký pár však žiadnu z týchto informácií nekomentoval, keďže obaja sa k súkromiu vôbec nevyjadrujú.
Pre 45-ročného Phoenixa a o desať rokov mladšiu Rooney Maraovú ide o prvého potomka.